Karena sekarang Edens Zero telah lengkap, Shiki Granbell berhasil mengumpulkan 4 Kilauan Bintang. Dengan bantuan teman-teman barunya, Shiki akan mampu menembus Dragonfall—pembatas Sakura Cosmos yang dipenuhi oleh Naga Mekanik. Setelah berhasil, dia dapat melanjutkan petualangannya mencari Mother.
Sebelum kru Edens Zero dapat melanjutkan perjalanannya, mereka menyadari sebuah kapal misterius mengikuti mereka. Setelah mengetahui kapal itu—Belial Gore—adalah milik Drakken Joe, Shiki dan teman-temannya berusaha untuk menyusup ke sana untuk mencari tahu apa yang Alkemis Kegelapan incar. Karena itu, Edens Zero disandera oleh anak buah Drakken.
Meski dalam situasi sulit, Shiki menolak untuk mundur. Dengan bantuan teman-temannya, Shiki harus mengalahkan Alkemis Kegelapan jika ingin keluar dari Belial Gore hidup-hidup.
