Takashi Natsume dia adalah anak yatim piatu, sejak kecil Natsume memiliki kemampuan untuk melihat yokai, ayakashi dan hal semacamnya. Masa kecil Natsume begitu suram orang-orang yang berada di sekitarnya menganggapnya aneh dan menjauhinya tidak hanya itu di dunia yokai Natsume sering sekali dikejar untuk menjadi santapan yokai karena terlihat lezat dengan kekuatan supranaturalnya. Oleh karena itu Natsume sering berpindah-pindah rumah dan sekolahnya sesuai dengan saudara yang mengadopsinya.
Semua itu berubah ketika keluarga Fujuwara mengadopsinya, Fujiwara adalah orang baik dia menganggap Natsume seperti anaknya sendiri. Setelah beberapa lama selalu dikejar oleh yokai akhirnya Natsume menyadari bahwa yokai mengejar dirinya bukan hanya karena lezat tepai juga karena buku yang ada padanya “Yuujinchou”. Buku yang didapatkan dari neneknya “Reiko Nastume”, buku tersebut berisi nama-nama yokai yang dikalahkan oleh Reiko buku itu memiliki kekuatan untuk mengendalikan yokai yang namanya tertulis didalamnya.
Suatu hari ia dikejar-kejar oleh yokai yang meminta namanya kembali. Natsume secara tidak sengaja melepas segel sebuah siluman yang mempunyai rupa seperti kucing yang bernama Madara atau lebih sering dipanggil Natsume dengan nama “Nyanko-sensei”. Ia berusaha merebut Yuujinchou dari tangan Natsume. Namun, Natsume berhasil mempertahankannya dan akhirnya Madara menjadi pengawal sekaligus guru Natsume dalam mempelajari sifat-sifat dan kehidupan yokai. dengan perjanjian “bila kau mati maka Yuujinchou akan diwariskan padaku”.