Di tahun 2015, dunia berada di ambang kehancuran. Harapan terakhir umat manusia ada di tangan Nerv, badan khusus di bawah naungan PBB dan Evangelion mereka, mesin raksasa yang mampu mengalahkan Malaikat yang menandai kehancuran Bumi. Gendou Ikari , kepala organisasi, mencari pilot yang cocok yang dapat melakukan sinkronisasi dengan Evangelion dan menyadari potensi mereka yang sebenarnya. Dalam upaya untuk membantu bertahan, Gendou Hikari dibantu oleh personel berbakat Misato Katsuragi, Kepala Operasi Taktis, dan Ritsuko Akagi, Kepala Ilmuwan.
Bertatap muka dengan ayahnya untuk pertama kalinya setelah beberapa tahun, rata-rata kehidupan Shinji Ikari yang berusia 14 tahun berubah secara permanen ketika dia terlibat dengan Nerv dan menuju takdir baru yang mengerikan, dia harus menjadi pilot Evangelion Unit-01 dengan nasib umat manusia di pundaknya.
