12,000 tahun berlalu sejak Asal Usul Aquarion, manusia hidup di planet Vega di bawah ancaman musuh dari dimensi lain yang disebut Abductor. Musuh itu berasal dari planet saudara Vega, yaitu Altair dan menjajah kehidupan manusia. Sebagai tindak perlawanan, organisasi yang disebut Neo-DEAVA terbentuk untuk melawan Abductor. Mereka memiloti robot mecha yang dinamakan Aquaria dan memisahkan jenis kelamin. Pria dan wanita tidak diperbolehkan berkontak. Mereka bahkan tidak diperbolehkan bertarung di medan pertempuran yang sama. Akan tetapi, situasi berubah saat robot mecha Abductor hebat ikut pertempuran. Dua pemuda, Mikono dan Amata terseret dalam konflik. Tanpa disadari, Amata melanggar tabu saat memanggil Aquaria dan menyebut Penggabungan Terlarang diantara Aquaria pria dan wanita. Neo-DEAVA kaget dan menolak tindakan Amata karena melewati batas. Bagaimana bisa ia memanggil Aquaria? Bagaimana caranya ia mengetahui bentuk Penggabungan Terlarang? Dan mengapa Mikono juga bisa memiloti robot mecha?
Pilot pembela keadilan: adit_kyousuke
Penggaya lagu: Nail
